Het dagelijks bestuur van de diaconie word gevormd door het moderamen van het College van Diakenen van de Protestantse Kerk van Amsterdam. Dit college bestaat uit diakenen. Uit iedere wijkkerk is een diaken in het college afgevaardigd. De leden van het dagelijks bestuur zijn:
August den Hollander (voorzitter)
Ank Heerma-Vonkenman (vice-voorzitter)
Jan de Vries (penningmeester)
Cees Goebertus (2e penningmeester)
Paul van Oosten (algemeen secretaris)
Janet Dijk
Nel van Hoorn-Geel
Wim van 't Veer
Mieke Hellema (adviseur vanuit de classis -regio-)