Het dagelijks bestuur van de diaconie word gevormd door het moderamen van het College van Diakenen van de Protestantse Kerk van Amsterdam. Dit college bestaat uit diakenen. Uit iedere wijkkerk is een diaken in het college afgevaardigd. De leden van het dagelijks bestuur zijn:
August den Hollander (voorzitter)
Anke Heerma-Vonkeman (vice-voorzitter)
Jan de Vries (penningmeester)
Cees Goebertus (2e penningmeester)
Paul van Oosten (algemeen secretaris)
Nel van Hoorn-Geel
Wim van 't Veer
Margreet Rog-Stokking (adviseur beleggingscommissie)
Egbert de Vries
Mieke Hellema (adviseur vanuit de classis)