De diaconie is onderdeel van de Protestantse Kerk van Amsterdam. Het bestuur van de diaconie is afgevaardigd in de Algemene Kerkenraad van de Protestantse Kerk. En iedere wijkdiaconie is afgevaardigd in de wijkkerkenraad. De diaconie heeft goede contacten met de Evangelisch-Lutherse Diaconie Amsterdam. Zij doen mee in verschillende projecten van de (protestantse) diaconie. Via Het Kerkhuis zijn er goede contacten met veel migrantenkerken in de stad.
Landelijk maakt de Amsterdamse Protestantse Kerk en dus ook de diaconie deel uit van de Protestantse Kerk in Nederland (PKN), waarin de hervormde, gereformeerde en evangelisch-lutherse kerk zijn opgegaan. De PKN is een pluriforme kerk, van rechtzinnig en evangelisch tot vrijzinnig en alles daartussen. Het diaconale onderdeel van de PKN heet Kerkinactie.
De PKN is aangesloten bij de Raad van Kerken in Nederland en de Wereldraad van Kerken.
De Amsterdamse diaconie is aangesloten bij de Federatie van Diaconieën binnen de PKN. De federatie is opgericht om de diaconale belangen binnen de PKN te behartigen. Daarnaast heeft de diaconie, o.a. via het Beraad Grote Steden van de PKN, goede contacten met de diaconieën in andere steden van de Randstad, zoals Den Haag, Rotterdam, Utrecht, Haarlem en Leiden.